Sebagai Unit Pelaksana Teknis Program Kemenkes
BBLK telah ditunjuk sebagai Penyelenggara Pemantapan Mutu Eksternal Tingkat Nasional melalui Kepmenkes HK.02.02/MENKES/400/2016, juga sebagai Labkes Pembina dan Rujukan Nasional Laboratorium Kesehatan di wilayah kerja melalui Permenkes No 52 tahun 2013.